Há muito por onde escolher quando se chega ao primeiro andar do edifício da Alfândega. De um lado está a exposição O Automóvel no Tempo e no Espaço, que faz uma retrospectiva do veículo e das transformações por ele provocadas.
Já na outra ala do museu fica a exposição O Motor da República: Os Carros dos Presidentes, onde se vê, precisamente alguns dos carros que serviram os governantes durante esse período e também objectos importantes para a implantação da República. É de referir que este museu recebeu nomeação para o European Museum of the Year 2014.