A primeira tentativa de musealização do espólio da Companhia das Águas de Lisboa deu-se em 1919, através de uma deliberação da Assembleia-Geral. Mas só no final dos anos 30 do século XX é que se iniciou o primeiro processo de inventário com o objectivo de organizar todo um acervo recolhido ao longo de duas décadas. Mais tarde, em 1950, na sequência da demolição das caldeiras da antiga Estação Elevatória a Vapor dos Barbadinhos, deu-se um processo de remodelação do edifício onde foi construído um primeiro andar nos corpos sul e central, projectado para acolher o arquivo corrente da empresa e instalações do laboratório da empresa. Em simultâneo, foram dados os primeiros passos para a elaboração de um espaço museológico.
Actualmente, a sala das antigas caldeiras reúne a colecção de peças que constitui o Museu. Aí podemos reconstituir o percurso que mostra a evolução do abastecimento da cidade de Lisboa desde o tempo dos romanos até aos nossos dias. A exposição é composta por fotografias, documentos e objectos vários, como os projectos de Carlos Mardel para o reservatório da Mãe d’Água, até a um exemplar do contador Bastos, mais conhecido por “contador de pancada”, o qual esteve em uso nas casas lisboetas até à década de sessenta.